فاز موقع الجزيرة نت بجائزة الأكاديمية العربية لجوائز الإنترنت "بان أراب" (Pan Arab Web Awards) بعد تصدره فئة المواقع الإلكترونية الإخبارية في المنطقة العربية، وتفوقه على أكثر من سبعمائة موقع إلكتروني. وتسلم الجائزة  في حفل أقيم في مدينة دبي في الإمارات العربية المتحدة مدير قناة الجزيرة مصطفى سواق رفقة الزميل محمد حمد ممثلا لموقع الجزيرة نت. وتصنف الأكاديمية العربية لجوائز الإنترنت كإحدى أهم الجوائز التي تمنح في المنطقة العربية للمواقع الإلكترونية. وسبق أن فازت الجزيرة نت بجوائز مماثلة، ففي يونيو/حزيران 2011 نال الموقع الجائزة الأولى في فئة استخدام التقنية العالمية (The international standard web technology award) في احتفال نظمته الأكاديمية نفسها في العاصمة اللبنانية بيروت. وفي أبريل/نيسان 2008 نالت الجزيرة نت جائزة أفضل موقع إعلامي في مجال الإعلام والاتصال في العالم العربي، وفق تصنيف جائزة الشيخ سالم العلي الصباح للمعلوماتية التي تنظمها دولة الكويت سنويا. وفي سبتمبر/أيلول 2007 فاز الموقع بجائزة مجلة "أخبار الكمبيوتر العربية" (ACN) لأفضل موقع تقني عربي في مجال الإعلام. وفي مارس/آذار 2006 حصلت الجزيرة نت على جائزة إنجاز العمر في النشر، وفق تصنيف مؤتمر الشرق الأوسط للنشر في دبي الذي يضم ثلاث جهات هي الجمعية العالمية للمطبوعات الدورية والاتحاد الدولي للصحف ومركز دبي للأبحاث والاستشارات والإعلام. كما حصل الموقع في ديسمبر/كانون الأول 2005 على جائزة التميز للعلامات الوطنية الخليجية, وفق تصنيف المنتدى الاقتصادي الرابع لدول مجلس التعاون الخليجي. أما في العام 2004، فقد اختير موقع الجزيرة نت ضمن المواقع العشرة الأولى الأكثر تأثيرا في المجال السياسي عالميا، وفق استطلاع واسع للرأي أجراه بوليتيكس أون لاين (السياسة على الإنترنت)، وهو موقع أميركي متخصص في الشؤون السياسية الإستراتيجية. وفي يناير/كانون الثاني 2002 حصلت الجزيرة نت على جائزة أفضل موقع لتوفير المعلومات على الإنترنت في مسابقة نظمتها لجنة جوائز الشرق الأوسط لتقنية المعلومات في دبي.