وقد تضاربت الأنباء حول أسباب الحادث ما بين أجهزة الأمن وعدد من الأهالي الذين ذكروا أن كتابة عبارات مسيئة على جدران معهد أزهري كانت سببا في مشاجرة تطورت الى مهاجمة منزل أحد الأقباط وتجمع المئات من الاهالي حول المنزل بعد مصرع طالب مسلم، وقاموا بإشعال النيران فى أثاث المنزل، لكن مجموعة أخرى من العقلاء قاموا بإطفاء النيران كمحاولة للتهدئة، فيما قامت قوات الأمن بإلقاء القنابل المسيلة للدموع لتفريق المواطنين. وفي غضون ذلك، ذكر مدير أمن القليوبية اللواء محمود يسري، خلال تصريحات صحفية أن سبب الأزمة ليس قيام بعض المسيحيين بكتابة عبارات مسيئة للمسلمين على جدران أحد المعاهد الأزهرية، مضيفا أنه بعد تمكن قوات الأمن من الدخول لموقع الأحداث تبين أن المشكلة بدأت عندما وجد شيخ المعهد الأزهري شابين مسلمين يكتبان بالإسبراي اسميهما على جدار المعهد ويرسمان شكل علامة هتلر، فنهرهما بأن هذا لا يليق أن يكتب على الجدار. وتابع، أن الطالبين قاما بمحاولة محو ما كتباه وهو ما استلزم إحداث أصوات لمحوه لأن الإسبراي لا يزال بسهولة، فحدثت مشادة بينهما وبين مسيحيين مجاورين للمعهد، تطورت لمشاجرة ومعركة بالأسلحة النارية. هذا وأكد القمص سوريال يونان، وكيل مطرانية شبين القناطر وكاهن كنيسة "مار جرجس" بمدينة الخصوص بمحافظة القليوبية، أن الاشتباكات أسفرت عن حرق الكنيسة الإنجيلية وحضانة المحبة في المدينة وكذلك حرق بيوت عدد من الأقباط وسرقة المحلات التجارية وقتل ثلاثة مسيحيين، فيما تمكنت قوات الأمن بمساعدة العقلاء من الأهالى بالسيطرة على الموقف. وتسود الآن حالة من الهدوء الحذر وسط تكثيف أمني للحيلولة دون تجدد الاشتباكات بين الطرفين.