يُشكل العدد الكبير للاجئين المسلمين تحديا بالنسبة للمساجد في ألمانيا، إذ لا يرتبط الموضوع بالمساعدات الإنسانية التي يمكن لهذه المؤسسات تقديمها لهم، وإنما أيضا بتحديد المسار الإسلامي في ألمانيا وتطوراته المستقبلية.

وأوضحت صحيفة "دويتشه فيلله" ألألمانية إنه حتى الآن طغى الطابع التركي على صورة الإسلام في ألمانيا، إذ يُشكل الأتراك نسبة ثلاثة أرباع عدد المسلمين الذين يعيشون في ألمانيا، وتليهم مجموعات المسلمين العرب والبوسنة والألبان وغيرها من المجموعات. الآن يأتي إلى ألمانيا كل شهر عشرات آلاف السوريين والعراقيين، ومعظمهم مسلمون.

 ويرى المتخصصون في شؤون الاندماج أنه لا ينبغي على الدوائر الرسمية والكنيسة المتطوعة أن تعتني بهؤلاء اللاجئين، حيث إن ذلك من مهمة المساجد. وفي هذا السياق يرى رئيس المجلس المركزي للمسلمين في ألمانيا، أيمن مزيك، أن المساجد والجمعيات يمكن أن تلعب "دورا رئيسا" في عملية الاندماج، حسبما جاء في لقاء له مع القناة الألمانية الثانية.

يوجد في ألمانيا نحو 2400 مسجد تقوم منظمات تركية بالإشراف على معظمها، وبالنسبة للمسلمين السُنة من السوريين والعراقيين فليست هناك إشكالية عند الصلاة خلف إمام تركي، فالعربية هي لغة الصلاة في كل مساجد العالم. لكن الأمر يختلف مع خطبة صلاة الجمعة التي تلقى بلغة الجمعية التي ينتمي إليها المسجد، وهي على الأغلب تركية، اللغة العربية تستخدم بالدرجة الأولى في المساجد التي تسيرها جمعيات مغربية، التي يقدر عددها بـ155 مسجدا، حسب ـ عبدالقادر رفود ـ من المجلس المركزي للمغاربة في ألمانيا، والذي يوضح في حوار معه "حيثما تكون هناك جمعية يتكلم أعضاؤها العربية ويتعرف عليها اللاجئون العرب، فإنهم يتوافدون عليها، حيث إنهم لا يؤدون في مسجدها الصلاة فقط، وإنما يلتقون ويتحدثون مع بعضهم البعض بلغتهم الأم ويشربون الشاي أيضا في الأماكن المخصصة. أما النساء فلهن أماكن أخرى للاجتماع. لكن يمكن أحيانا أن يواجه اللاجئون العرب بعض المشكلات اللغوية بسبب اختلاف اللهجات بين دول شمال أفريقيا ودول الشرق العربية