كشفت الرئاسة العامة للأرصاد وحماية البيئة في تقريها السنوي للعام المالي 1435/1436، عن معوقات تعترض عملها وأبرزت في صدرها: نقص الكوادر المؤهلة للعمل كأخصائي بيئي لدى فروعها، وعدم وفرة القيادات الإدارية، والتوزيع غير الكافي للموظفين، علاوة على التكدس الإداري في فروع الرئاسة.
أوضحت الرئاسة العامة للأرصاد وحماية البيئة أن عدد الأخصائيين الموجودين لديها 233 أخصائيا، بينما تطمح لزيادة عددهم إلى 733 في خطتها القادمة، وأشارت في تقريرها إلى أنه في ظل زيادات عدد المنشآت التي تحتاج إلى تأهيل بيئي وكذلك التفتيش المستمر على تلك المنشآت، ومع قلة عدد الكوادر لا تستطيع الرئاسة تقييم تلك المنشآت ومراقبتها والتفتيش عليها بالعدد القليل الذي تملكه من الأخصائيين. 
ذكرت الرئاسة أنها تعاني من عدم وجود قيادات إدارية لديها، حيث خصص لمجال الأرصاد 7 قياديين، بينما لمجال البيئة 9 قياديين، وكذلك أبانت أنها تعاني توزيعا غير كاف للموظفين تحت قيادات إدارية محددة، مما أسهم في إرباك القرارات وتأخر إنجازها، وأشارت أيضا إلى أن هناك تكدسا إداريا في فروع الرئاسة تم اكتشافه، تمثل في أن قياديا يشرف على عدة إدارات ووحدات والتي تمارس أكثر من نشاط، مما تسبب في تأخير وصول إجراءات مهمة إلى الرئاسة العامة للأرصاد وحماية البيئة.